Le conseil d'administration met en œuvre les décisions prises par l’assemblée générale et assure la représentation de l’association dans ses actes et démarches juridiques. Le conseil d'administration de DUNE est composé d'administateurs·rices chevronné·e·s et engagé·e·s. Il se réunit aussi souvent que les intérêts de l'association l'exigent.